DSP空间多组学:一种用于病理学中组织蛋白和RNA表达的原位分析的分析工具
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本文主要介绍了NanoString DSP(数字空间分析)平台的技术特点、工作原理、应用和限制。DSP是一种用于病理学中组织蛋白和RNA表达的原位分析的新工具,由美国南旧金山Genentech公司开发。DSP平台通过检测与初级抗体或核酸探针连接的寡核苷酸条形码来实现高维度的空间探测组织蛋白和RNA表达。DSP技术在其他高度多态性的免疫组织化学方法如成像质谱流式细胞术和多重离子束成像中的应用进行了讨论,以帮助潜在用户了解每种方法的优势和局限性。DSP的关键性能包括其检测限、直径和位置精度等。然而,DSP也存在一些限制,如只能探测小区域(ROI),需要多个ROI才能全面表征核心活检样本;必须对样本组织进行统一的抗原修复处理,这可能不适合多种染色板中的抗体,导致灵敏度降低或背景染色严重。

以下是DSP相关的主要特点:

DSP平台的工作原理:DSP平台通过检测与初级抗体或核酸探针连接的寡核苷酸条形码来实现高维度的空间探测组织蛋白和RNA表达。这种平台不仅能够进行高通量的免疫组化分析,而且还能进行原位杂交分析。

DSP技术在其他高度多态性的免疫组织化学方法如成像质谱流式细胞术和多重离子束成像中的应用进行了讨论,以帮助潜在用户了解每种方法的优势和局限性。

DSP的关键性能包括其检测限、直径和位置精度等。

  

样品选择和实验设计:预分析变量(例如样本质量)和分析变量(例如ROI选择)对平台的影响将被考虑,以帮助样本选择、实验设计和解释结果。

DSP提供了多种解决方案,如包括负探针以控制背景,以及包含参考转录本和抗细胞蛋白的探针以控制细胞数量。

尽管DSP提供了一种强大的工具来进行单细胞分析,但这种分析需要仔细解释和考虑一些技术限制。

DSP的应用:DSP技术的关键性能包括其检测限、直径和位置精度等。例如,通过使用不同的UV照射面积测量CD3、CD45或PD1的计数,研究人员已经证明了线性的关系(R²=0.98-0.99),并且在大约25微米的分辨率下(一个到四个细胞)达到了五倍的动态范围。

NanoString DSP使用荧光抗体标记靶标,并结合特定的DNA探针来识别和计数目标分子。

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基因水平:PCR Array、RT-PCR、PCR、单细胞测序
蛋白水平:MSD、Luminex、CBA、Elispot、Antibody Array、ELISA、Sengenics
细胞水平:细胞染色、细胞分选、细胞培养、细胞功能
组织水平:空间多组学、多重荧光免疫组化、免疫组化、免疫荧光
数据分析:流式数据分析、组化数据分析、多因子数据分析
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公众平台:多因子及组学服务专家