单细胞测序实验常见问题——样本相关问题
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Q:如何取样,可以有更好的生物代表性?

A: 样本代表性:① > ② > ③> ④ ①:取不同部位的多个块状样本,分别检测 ②:取不同部位的多个块状样本,混一起检测 ③:取随机部位的一个横断面样本,进行检测 ④:取随机部位的一个块状样本,进行检测

Q:如何取样,有更好的组织活性?

A:去除杂质:用生理盐水清洗干净样本表面的血渍、筋膜等杂质 去除死组织:样本切割边缘的焦黑组织、肿瘤中心的坏死组织 手术操作流程的微调:避免脱离血供太长时间、避免浸泡/擦拭消毒 尽快处理:样本尽快置于冰上保存,尽快运输或后续酶解操作

Q:如何选择悬液制备方案?

A:解离越久、过程越复杂,细胞得率越高;操作越迅速,步骤越简单,细胞活性越好

Q:选择提核还是制备细胞悬液?

A:根据优劣势选择:

单细胞核测序的优势

单细胞核测序的劣势

需要妥善的前处理,以维持高活性的细胞常规的冻存操作即可

细胞核内的RNA转录本数目少

酶解等其它前处理会带来转录组的应激改变→ “冻结”在收样的一瞬间

细胞核内的RNA转录本,大部分是不成熟的mRNA,带有大量Intron

捕获对于细胞的形态、大小等都有限制细胞核普遍在10μm以下

不利于特定细胞类型(免疫细胞)的捕获

Q:细胞悬液是否需要分选/烈红/去死细胞?

A:根据优劣势选择:

后处理的优势

后处理的优势

需要妥善的前处理,以维持高活性的细胞常规的冻存操作即可

细胞核内的RNA转录本数目少

酶解等其它前处理会带来转录组的应激改变→ “冻结”在收样的一瞬间

细胞核内的RNA转录本,大部分是不成熟的mRNA,带有大量Intron

捕获对于细胞的形态、大小等都有限制细胞核普遍在10μm以下

不利于特定细胞类型(免疫细胞)的捕获

 

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